虛擬目錄是到現存物理目錄的一個連結，在伺服器上的硬碟上顯示。虛擬目錄可有多個指定的設定如自訂 ASP.NET 配置，存取權限與使用密碼保護。

因為任何虛擬目錄可以有自己的設定，包括定制的 ASP.NET 配置，虛擬目錄在設定您的 web 應用程式時特別有幫助，尤其是在 ASP.NET 裡編寫時。例如，如果您有三個 web 應用程式使用 ASP.NET 版本 2.0，而您需安裝一個使用 ASP.NET 版本 4.0 的 web 應用程式，那麼您可為 ASP.NET 4.0 應用程式創建一個虛擬目錄，並為此目錄配置 ASP.NET 設定以啟用 4.0 版本，然後就可成功安裝所需應用程式。

虛擬目錄也可以用作別名。例如，您有一個 web 應用程式安裝在物理目錄」 /my_data/web_apps/forum" 裡您的域 「example.com」 上。若要存取此 web 應用程式，使用者需要輸入難記憶又太長的 「example.com/my_data/web_apps/forum" 。您可在您虛擬主機的根裡創建叫做 forum 的虛擬目錄，並連結此虛擬目錄至 「/my_data/web_apps/forum" ，因此想要存取此 web 應用程式的使用者將需要輸入簡短易記的」 example.com/forum" 。